发芽指数是种子的活力指标。在发芽试验期间，每天记载发芽粒数，然后计算发芽指数。发芽指数高，活力就高。种子发芽试验被认为是评价堆腐产品无害腐熟最具说服力的方法。种子发芽指数综合反映了堆肥的植物毒性，被认为是最敏感、最可靠的堆肥腐熟度评价指标。一般情况下，发芽指数大于50%可认为堆肥对种子基本无毒性。