小竹鼠属于哺乳纲、啮齿目、鼠科的一属，而与小竹鼠属（小竹鼠）同科的动物尚有竹鼠属（大竹鼠）、东非鼹鼠属（大东非鼹鼠）、猪尾鼠属（猪尾鼠）等之数种哺乳动物。该物种已被列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2013年濒危物种红色名录ver3.1—-易危（VU）。