马氏鳄亚科（学名：Mekosuchinae）是澳洲及南太平洋的鳄鱼亚科，现已灭绝。化石纪录显示它们最初于始新世的澳洲出现，并一直生存在澳洲至更新世，及在人类到达斐济、新喀里多尼亚及瓦努阿图前。其分类被受争议，一些认为应为鳄科之下的一个亚科，也有指应为一个独立的科。