成立于1994年8月，局机关内设9个职能科室，下辖5个直属单位和11个县（市、区）局、118个税务分局（所）。2018年7月5日，国家税务总局泉州市税务局正式挂牌成立，标志着原泉州市国税局、原泉州市地税局完成合并。