职能分为两部分：畜牧生产和重大动物疫病防控。畜牧生产分为：养殖场的建设及畜牧生产数据统计上报、饲料、兽药、种畜禽及生鲜乳收购站的审核发证、监督管理等。重大动物疫病防控分为：动物的防疫和动物及动物产品的检疫，以及养殖场的监管、乡村兽医、防疫员的管理等。