阿勒泰海关地处边塞，所辖吉木乃、塔克什肯、红山嘴3个一类口岸和阿黑土别克1个临时口岸，边界线长1134公里，分别与哈萨克斯坦共和国、俄罗斯联邦共和国和蒙古国接壤。2017年11月，被获评第五届全国文明单位。