阿拉山口海关筹建于1991年7月，1995年11月正式开关（处级），是实行垂直领导的国家进出境监督管理机关，依法独立行使职权， 隶属于乌鲁木齐海关，设有12个科室，分别是办公室、综合业务科、通关管理科、监管科、查验一科、查验二科、稽查科、技术科、人事教育科、行财科、政工科、纪检监察科。