黄锦云为中国清朝武官官员。黄锦云于1869年（同治8年）奉旨接替吴奇勋，于台湾地区担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品，是台湾清治时期的这阶段，扼守台湾海峡的重要武将，并统帅两标水营，数千名水师兵勇。