珠海保税区位于珠海经济特区南部紧靠湾仔口岸，与澳门隔水相望，通过横琴大桥和莲花大桥与澳门陆路连通。距市中心约11公里，距珠海港口44公里，距九洲港18公里，距珠海机场40公里，距建设中的珠海火车站仅5公里。距香港也只有36海里，是广东省6个保税区之一。