杨东方1984年毕业于延安大学数学系（学士）；1989年毕业于大连理工大学 应用数学研究所（硕士），研究方向：Lenard方程唯n极限环的充分条件、微分方程在经济管理生物方面的应用；1999毕业于中国科学院青岛海洋研究所（博士），研究方向：营养盐硅、光和水温对浮游植物生长的影响，专业为海洋生物学和生态学；同年在青岛海洋大学，化学化工学院和环境科学与工程研究院做博士后研究工作，研究方向：胶州湾浮游植物的生长过程的定量化初步研究。