肇庆市地方税务局成立于1994年9月28日，隶属于广东省地方税务局垂直管理，是主管全市地方税务工作的正处级建制的职能机构，实行由广东省地方税务局和肇庆市人民政府的双重领导，以省地方税务局领导为主的管理体制。2018年7月5日上午，国家税务总局肇庆市税务局挂牌仪式在端州举行，标志着原肇庆市国家税务局、原肇庆市地方税务局正式合并。