根据省委、省政府批准的《菏泽市人民政府机构改革方案》（鲁厅字〔2009〕47号）和《中共菏泽市委菏泽市人民政府关于菏泽市人民政府机构改革的实施意见》（菏发〔2009〕25号），设立菏泽市商务局，为市政府工作部门。2020年1月，菏泽市商务局获得中共山东省委、山东省人民政府“勇于创新奖”先进集体表彰。