起病不如淋病急，症拖延，时轻时重，但比淋病轻。约50%的病人有尿痛、尿道痒等症状。初诊时很易被漏诊。女性非淋菌性尿道炎更轻，无尿痛或轻微尿痛，可出现少量分泌物。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞（高倍镜下每视野超过10个）。