真菌过滤(英语:Mycofiltration)是利用蘑菇菌丝体垫的生物过滤器的处理过程。该术语是由真菌学家保罗·史塔曼兹(Paul Stamets)创造的新词。真菌过滤对处理工业废水、生活污水等有广泛的前景。