《亭林诗集》以四部丛刊影印潘刻本为底本，主要参校孙毓修校补；《亭林文集》、《亭林馀集》亦以影印潘刻本为底本，主要参校潘刻初印本。因手头资料有限，《蒋山佣残稿》、《熹庙谅荫记事》和《亭林佚文辑补》作为本书附录，录自中华书局本。