在世界上许多地方，种植者使用杀虫剂控制咖啡害虫生长，往往高海拔地区潮湿、多雾咖啡更易受害虫侵害，故种植者常用杀虫剂处理。 许多人认为咖啡生长期间只要未使用合成杀虫剂、除草剂和化学肥料就可以称为有机咖啡豆，实际上，只有在第三方（除咖啡制造者和采购商外）认证完毕的情况下才能称为有机咖啡豆。