比菲德氏菌是由亨利德席尔(Henry Tissier)从婴儿的排泄物中分离出来的,当初由它的形状称它为普通双叉杆菌(Bacillus Bifidus- communis),而中文的名称比菲德氏菌是由英文Bifidobacteria直接音译而来。