国库司的主要职责是提出并拟订国家金库管理制度、财政总预算会计制度和行政单位会计制度；负责中央财政资金调度；分析国家预算执行情况；汇总并编制中央、地方、全国决算；汇总行政事业单位决算；统一管理中央财政的银行开户；统一管理和审批中央预算单位银行账户开立、变更和备案；