《药师经讲记》主要内容包括：悬论，叙缘起，释经题，明翻译，正释，缘起分，叙事证信，礼请起说，正宗分，如来开示，依正行愿，总标依正，别陈行愿，戊行愿，己总说，己别叙，庚生佛平等愿，庚开晓事业愿，庚无尽资生愿等等