深圳育才二小于1988年诞生在我国'特区中的特区'深圳蛇口半岛，原为招商局蛇口工业区创办的一所子弟学校。 1995年被评为广东省一级学校。2000年7月移交给南山区政府，由企业办学转为政府办学。2003年中国第一个公办教育集团育才教育集团成立，育才二小是集团首批成员学校之一。