保税运输的主要功能是为了扩大保税仓库的利用和保税货物的移动。保税货物在甲保税仓库到乙保税仓库或到保税工厂；在一国的甲港口到乙港口之间，在没有缴纳关税的情况下移动，通常需经海关批准后加上关封或用其他简易可行的方法实行监管。保税储存和保税运输都是保税制度的重要内容。